جعفر بعد از یک دوره بیماری سخت در دهم ژوئیه برابر با ۲۰ تیر در شهر برلین درگذشت و در هفدهم ژوئیه نیز با حضور جمع کثیری از دوستان و یارانش به خاک سپرده شد.

نیروهای امنیتی که پیکر وی را به خانواده نوید تحویل می دهند، آنها را تحت فشار قرار می دهند که علت مرگ را تصادف اعلام کنند. به همین خاطر خبر مرگ او تا به امروز انتشار بیرونی نیافته است

ترکمن ها و بلوچ ها روز جمعه ۷ بهمن ۱۴۰۱ بعد از اقامه نماز جمعه در گالیکش در مقابل منزل مولانا گرگیج تجمع اعتراضی برگزار می کنند.